Можно ли получить отдельные FTP-аккаунты для моих поддоменов?

Да, на данный момент такая функция доступна из Вашей панели управления аккаунтом сPanel (http://<ВАШ_СЕРВЕР>/cpanel) раздел <<FTP менеджер>>.
Количество возможных FTP-логинов зависит от вашего тарифного плана.
Если Вы хотите предоставить доступ по FTP протоколу к поддомену, создайте FTP пользователя с именем идентичным имени поддомена.